在與擬變革者的戰鬥結束後,天上人的使命也尚算完結,開始淡出世人的視線,轉為以隱密行動的模式繼續對擾亂世界和平的人或組織等進行武力介入,以免影響聯邦政府新政權的運作。
因為不能進行大力度的武力介入,所以天上人開始針對舊機體進行改裝及設計新機體,能天使高達R2是其中一台參與改裝的機體。R2在擬變革者的戰鬥中,被0高達以光束軍刀刺穿太陽爐,太陽爐也無法修復,因此改修工作的人員決定以新一代的GN電容器取代,並在機身多處安裝粒子儲存器以增加粒子存量,改裝後的外貌變得很像已廢除的[能天使高達強化方案]的Exia 1.5。
作為經過第三回改修的能天使高達R3為了符合當時的行動方針,配備了和以往戰鬥風格大相徑庭的長距離射擊兵器-GN長管步槍。GN長管步槍作為大型兵器，以類似GN劍、GN狙擊步槍II的機構，摺疊收納並裝備於機體左腕（但不同的是在摺疊狀態下完全無法使用）。在使用時展開槍身、握把及水晶感測器。在機體進入格鬥戰後，再度收納槍身以免妨礙機體的動作。
擬變革者之戰後，聯邦政府秘密地再度啟動超兵計劃，但實驗內容為對含有變革者因子的人類進行強制覺醒並投入戰場的實驗。剎那·F·聖永駕駛的Exia R3於此次武力介入中，故意將光束擊偏，以GN粒子構成的光束作為傳達信息的媒介，告知設施中受困的[變革者因子]保有者進行逃離，並對研究所進行攻擊為他們的逃脫創造條件及爭取時間。
注:GN電容器在當時已經發展到非常成熟的階段,可儲存的粒子量已足夠機體長時間運作,但始終不是跟太陽爐一樣是半無限而會用盡的,所以最好不要使用Trans-am,因為粒子會很快耗盡
能天使高達強化方案是在天上人第一次武力介入中期,希望透過強化部件提升機動性,與雪崩型裝備不同,此方案是直接改裝太陽爐及腳部,令能天使高達的作戰能力大大提升。雖然設計圖已完成,遺憾當時局勢令天上人無餘暇為能天使改裝,例如東尼迪小隊的出現,以及各國得到擬似太陽爐,最後能天使高達更失蹤,所以方案最終被廢