人類以宇宙為生活空間，已經過了一個世紀。然而，離開重力的人們，依然離不開戰爭的纏繞。這個時代，繼反地球聯邦運動，宇宙世紀0093年的「馬沙之動亂」，還有宇宙世紀0105年的「馬伕迪之亂」之後，戰事頻仍的宇宙終於又獲得片刻的寧靜。
宇宙世紀0111年，自U.C.0100年自護共和國放棄自治權，地球聯邦軍以大型戰亂平息為由，決定次期主力MS開發方案。這個方案的背景，在於針對MS的不斷高性能化而引致的大型化、高成本生產問題，從而扭轉MS的運用原則，並以回歸用兵思想的原點，即以小型、輕巧、高性能化為訴求，重新研製MS這種泛用人型兵器。
F90系列
然而，對這個要求明確回應的卻不屬獨佔MS開發市場的亞拉巴姆電子儀器社（Anaheim Electronics，即A.E.社），而是由軍方內部研究機關S.N.R.I（聯邦軍海軍戰略研究所）所發動。
由SIDE-4的S.N.R.I研發的F90系列，小型、輕巧兼具高性能，搭載有TYPE「CA-III」、模擬人格電腦系統「A．R」，機動運動及戰鬥性能方面快速，體型亦由一般的20公尺改為較少的15公尺。
在特性上，F90極力減少內藏及固定武裝，而由於採用了新型的武裝管制系統，令致機體無須再調整即能在最短時間內完成各武裝的交換，因此機體可藉由配置在機體各處的裝備接續點，隨任務需要換裝已經整合化的外加單元，以對應各種不同戰場下的戰況需要。開發案之中，機體亦曾計劃開發以A至Z為代號的26種裝備。
F90系列新世代MS的開發由於獲得軍方極高的評價，其美滿的成果亦得以令計劃繼續推進。
強 奪
SIDE-4殖民地科倫迪亞I，SIDE-4的復興基地，同時也是新世代MS的實驗基地—
宇宙世紀0120年10月28日，於SIDE-4空域測試的高達F90其中一機，被不名的自護殘黨、擁有舊一年戰爭MS，後證實為自護之亡靈—火星獨立軍強奪而去。
針對此事，負責測試F90的第13實驗戰團，恢復原地球聯邦軍第13獨立機動艦隊的身份，奉令執行奪還F90及征討殘黨軍之任務，並由原駐地SIDE-4即時出發，對以潛伏火星為據點的自護殘黨，進行掃蕩作戰。目標是火星之上的幽靈MS基地……
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