宇宙紀元（C.E.）15年，世界知名的天才青年科學家佐治·葛倫在出發前往木星進行科學考察途中，公開宣佈自己是經由基因改造誕生的新人類，成為史上第一位公開的新人類（Coordinator）。在公開自己的秘密同時，他也同時把改造人類基因的方法公諸於世，使世界上新人類的人口大幅增加。
與此同時，雖然各國開始立法規管人類基因改造，但仍未能阻止人們對改造自己後代基因，使後代能力更優秀的追求。在新人類的人口不斷增加的同時，卻使一部分沒有進行基因工程改造的普通人類，也是所謂的『自然人（Natural）』開始對新人類產生嫉妬和仇恨。在不斷被自然人排斥和威脅的情況下，新人類逼不得已離開地球，在C.E.44年於L5宙域的殖民衛星群成立了宇宙殖民地P.L.A.N.T.，並同時組織了政治及軍事自治組織―自由條約黃道聯盟（簡稱Z.A.F.T，札多）。之後隨着佐治·葛倫在C.E.53年被自然人謀殺，西蓋爾·古蘭爾派在P.L.A.N.T.最高評議會逐漸崛起等因素影響，地球與宇宙殖民地關係漸漸轉差。在此期間，本作主角基拉·大和於C.E.55年誕生（作為悠連·響博士的超級新人類研發計劃的唯一完成品）。
C.E.70年2月5日，在月面都市哥白尼舉行的殖民地與理事國會談會場受到炸彈恐怖襲擊（哥白尼慘劇），地球方面理事國代表與聯合國秘書長以下的聯合國首腦群死亡。隨後於2月7日，理事國之一的大西洋聯邦發表《阿拉斯加宣言》，宣稱此次恐怖襲擊是P.L.A.N.T.所為，並指襲擊是對地球和自然人的宣戰。大西洋聯邦並宣佈成立地球聯合，取代因首腦全數死亡而癱瘓的聯合國。2月11日，地球聯合軍對P.L.A.N.T.宣戰。從月面的托勒密基地開始侵略攻擊。此外，一名隸屬於激進反新人類組織―藍色宇宙的軍官下令將一枚核彈秘密地運進MA空母「羅斯福」號內。雖然P.L.A.N.T.出動了MS部隊將敵軍殲滅，但由於受到突然的核彈攻擊，120座P.L.A.N.T.宇宙殖民地中的一座，農業衛星「尤尼烏斯-7」遭到毀滅性的破壞，造成了24萬3721人死亡，史稱「血色情人節」,也是本作戰爭的起點。
C.E.70年2月，由於「血腥情人節」的慘劇，地球方面與P.L.A.N.T.之間的紛爭一口氣升級為正式的武裝衝突。開戰十一個月後，主人翁基拉·大和（Kira Yamato）所在的中立國‧奧布所屬資源衞星殖民地「希奈波里斯（Heliopolis）」突遭兒時好友亞斯蘭·察拉（Athrun Zala）所屬的Z.A.F.T.襲擊，他們的重逢成為故事的開端。
P.L.A.N.T.在血腥情人節後發動獨立戰爭，其軍事組織Z.A.F.T.的戰略為散布大量「中子干擾器」至地底下，使地球上多數地區無法使用核能，引發世界性的能源危機。再以新型兵器逐步攻下在赤道附近的質量投射器，以期將地球聯合軍封鎖在地球圈內，再也無法威脅P.L.A.N.T.；由於貌似神話中自食其尾的大蛇，故命名為「Operation Ouroboros」作戰。大戰爆發初期，誰也未曾懷疑過地球軍將以壓倒性的兵力和資源迅速結束戰爭。然而戰爭膠着了近一年，戰況卻是對聯合軍愈發不利，其主要原因之一就是地球軍對Z.A.F.T.的新型兵器‧機動戰士（MS）一籌莫展。
為了挽救戰局，地球聯合中最強大的成員國‧大西洋聯邦早已開發代號「G兵器」的MS，並秘密地委託奧布的國營軍需企業「曙光社」在希奈波里斯協助建造。Z.A.F.T.的古魯謝隊掌握了此情報，派遣特殊部隊襲擊希奈波里斯，強奪了正進行出廠作業的「G兵器」五機中之四機。意外被捲入這場戰鬥的工業大學高材生基拉·大和竟遭遇已成為Z.A.F.T.精英的兒時好友亞斯蘭·察拉。在一片混亂的街道上，基拉意外地乘上了碩果僅存的GAT-X105 Strike。注視著座艙顯示器上的G兵器系統的全寫名稱，基拉不自覺地脫口而出：「GUN…DAM…！」。
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