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廢物商工會的朗·加路將MS「非親格欄」以及夥伴擬人電腦「8」交託給記者傑斯·昆布爾之後前往火星展開旅程。富他再度回到地球時，世界邁向了新的混亂時代。而支持帕特里克．察拉而脫離札多軍的士兵們發動了恐怖襲撃，因為他們覺得帕特里克的路線才是正確的道路。當尤尼烏斯七號的碎片整落地球時，朗快速地展開了行動！另一方面，D.S.S.D打算將MS技術用於宇宙開發等和平用途上。在短暫離開地球的期間，吸引朗的事物充斥在世界每個角落！
機動戰士高達 SEED DESTINY ASTRAY是機動戰士高達 SEED ASTRAY的續編，同樣連載於「月刊Gundam ace」（漫畫），「The Sneaker」（小說），「電擊HOBBY MAGAZINE」（情景模型小說）。
機動戰士高達 SEED DESTINY ASTRAY以機動戰士高達 SEED與機動戰士高達 SEED DESTINY之間約2年作為主要的舞台，本作亦會說明機動戰士高達 SEED DESTINY中不被描寫的背景故事。
故事開始在前次大戰結束後，地球圈似乎進入和平時期，但在暗中仍有許多不為人知的行動。攝影記者傑斯在一次採訪中遇到了朗·加路，並從他手中得到了迷惘高達非規格機（ASTRAY OUTFRAME）。以追求與傳達真實為目的的傑斯，駕着非規格機奔馳在各處，為了自己的理念而奮戰。