第二季過後，各人都過著和平的日子，但這些日子不是好長，在地球圈中，突然間木衛六的出現，於是地球聯邦軍就命令去破壞它而開始，結果是成功，但這些碎片掉下在地球之中，所有的怪事就出現。
在蒙古的阿路耶和瑪莉到一個有異樣感覺的設施裏面調查，設施裏的人全都被迷之金屬ELS侵蝕而死，只剩下一堆無人駕駛的工程車輛，而兩人亦被這堆無人車輛襲擊，哈路耶現身保護瑪莉，此時上演了一場超兵體術秀…
阿路耶一個人把一堆ELS車輛耍得團團轉，可是對方卻出動直昇機，幸好洛奧駕著戴納米登場營救，超兵二人組亦正式歸隊。
另一邊在醫院的沙慈和露易絲亦受到機械(ELS)利保遜的襲擊。 利保遜慢慢迫近頭痛欲裂的露易絲，沙慈身為男友自然要挺身護花，他拿起身旁七大暗器之一的折凳往利保玆的身上拋，利保玆竟然被折凳打得跌在地上，沙慈見機不可失便馬上帶著露易絲逃走，可是依然被利保玆追到並被打飛，正當利保玆剛要碰到露易絲的時候，剎那及時趕到並往利保玆身上連轟數槍，可是利保玆卻無動於衷的受了下來，還打開雙手以擁抱的姿態步向剎那，剎那見狀因為太嘔心了便往他開火，利保玆再被射中，可是頭上開了個洞的他還是慢慢迫近，於是剎那便拋出塑膠炸彈把利保玆上半身炸掉，但下半身還多走了幾步才倒斃…
雖然打倒了利保玆，但剎那再次感到異樣，回到武艦，天人發現ELS利保玆其實是130年前的木星大型探測船上，和利保玆同型的變革體被侵蝕後的模樣，所以ELS利保玆和第二季的利保玆並無關係。
此後不久，木星大型探測船(ELS復制體)再次出現，證明ELS擁有復制機械的能力，天人的三台Gundam前往迎擊，由於00-Q還未完成，上季00-Raiser的GN Drive被毀，剎那駕的是00-Raiser(GN電容器型) ，Lockon的Gundam Zabanya有兩台Haro幫忙操作。
ELS木星探測船上放出無數浮游炮大小，前端逞尖型的自殺兵器，只要一被它們碰到機體便會被侵蝕再強的裝甲也無用武之地，所以三人便邊退便戰，可是旁邊的剎那卻在腦殘受到腦粒子波的不明影響只躲不攻，結果因為ELS的數量太多，00-Raiser的左臂終於被侵蝕，Lockon和阿雷亦趕不及救援。
此時，兩個巨鋏出現，把附近的ELS殲滅，同時把00-Raiser被侵蝕的左臂及時夾斷。
趕來的正是迪尼亞和他的Raphael Gundam，迪尼亞一反第二季的失態,很帥氣的使用Trans-Am，放出超大光束把ELS群秒掉。
歸隊的迪尼亞帶來了ELS的情報，指它們有意識地襲擊有腦粒子波潛質的人，早前被ELS利保玆襲擊的女高中生正是有可能成為變革者的人類，這時他的半邊身體因為被ELS侵蝕而變成了機器。
但剎那卻搞不清楚為何自己不對ELS攻擊。
接下來木星有超大量和巨型的ELS出現，聯邦軍派出新變革者及先頭部隊作誘餌和它們接觸，可是艦隊全部被侵蝕，新變革者也寡不敵眾被吞噬，此時天人趕到要救援，可惜已經太遲了，甚至連四台Gundam也因為ELS數量太多而陷入苦戰。
當四人打算撤退時，剎那卻想使用Trans-Am Burst裸體飄浮去溝通，可是沒有GN Drive的00-Raiser不能放出足夠的粒子而失敗，終於，粒子用盡，00-Raiser被侵蝕，剎那的腦細胞受損昏迷。
迪尼亞為了救剎那，利用背上的機體，天使長高達,Seravee II把00-Raiser的駕駛倉挖出來，Raphael的本體和迪尼亞則引開敵人自爆。
救出剎那的Lockon和阿路耶使用Trans-AM逃離現場，但還是被ELS追上，這時武士道和Brave部隊登場救了他們。(話說Brave這部機體看上去和Flag差不多，但性能簡直差天共地。)
歸艦後，自爆了的提耶在一個小型筆電的螢幕中再現，還說只要和VEDA連結，肉體就只是個容器…
愛人們武士道和菲特探望因腦細胞受損而昏迷中的剎那，這時武士道再次說:
「我是過去…」
「想要超越Gundam的愚蠢男人。」
「但是我錯了…」
「我要超越的不是Gundam…」
「而是這位少年!!!!」
菲特:「……」
問題是這位少年本身就是Gundam。
由於事態嚴重，聯邦軍設立了絕對防護戰線，投入所有戰力阻止ELS，在地球上的沙慈告別了露易絲上宇宙出一分力。
最終戰開始後全都是戰鬥畫面，小熊言道: 「敵我數量是10000比1」，而戰鬥後不久ELS竟然憑空製做出GN-X，ELS GN-X射的光束是紫色的。
天人也正式取得00-Q，而迪尼亞亦把Veda的小型終端機(即是自己)移植進去00-Q，但關鍵的剎那還在昏迷中。(米蕾娜向迪尼亞告白，但迪尼亞沒有表示。)
聯邦軍寡不敵眾，戰況每況愈下 ，小熊亦為了漂白保護人類而自爆，此時剎那還在昏迷，直到菲特淚流滿面的握住他的手，再夢到Lockon和第一季死掉的男女才醒來。
迪尼亞在00-Q裏以小型立體影象出現，00-Q出擊後首先救了準備自爆的派屈克•克拉桑瓦的機體。
派屈克•克拉桑瓦:「大佐，我幸福過頭，已經不再是不死身了，但是……我不會白死啊啊啊!!!」(被00-Q打飛駕駛倉)
菲特也放棄了剎那。
菲特:「剎那的愛太大了，我只要心中有他就好了。」
其實是剎那愛的東西太大了才對。
接著Lockon和阿雷替00-Q開路到ELS的巨型核心，Lockon使用了全屏幕鎖定系統，哈雷/阿雷和瑪莉則使用合體模式。
00-Q使出超大型Raiser Sword把追兵和核心表面切開，但切得不夠深，此時機體大破、口吐鮮血的武士道出現，大喊:「去吧!少年!活著去開拓未來!」，衝進去ELS核心表面的缺口自爆，製造了一個足夠00-Q穿過的大洞.
成功進入ELS核心的00-Q啟動彈珠人系統Quantum System，在迪尼亞和Veda幫忙處理資訊的情況下成功和ELS溝通，得知它們的母星被毀，才會想在地球落地生根，在互相理解後，ELS停止了攻擊和侵蝕，00-Q利用浮游刀圍成一個圈，利用空間跳躍到ELS的母星，再消失在刀圈之中，而ELS原本的巨型核心亦變成一朵巨型菊花…
畫面回到A.D. 2091，還未光頭的光頭老頭宅在家中被一名疑似里朋斯•阿爾馬克原形的人類訪問，內容是他對人類未來的見解。
接著畫面飛到劇場版的50年後，現在的宇宙菊花是一個星際旅行站，一艘名叫Sumeragi(皇)的宇宙探索艦載著一堆變革者準備出發，早前半邊身體被侵蝕的女高中生亦在裏面，她的半身變成銀色，也沒有老化。
在地球，一位已經老到眼睛看不到電視的王女正在彈鋼琴，此時全身銀色電鍍版剎那登場，二人抱在一起，互相理解。
Peace cannot be kept by force. It can only be achieved by understanding.
(00劇場版全劇終)
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