時值P.D.（Post Disaster）323年。三百年前，地球發生了名為「災難戰爭」的大戰。大戰結束後，地球圈捨棄了過去的統治方式，以新的支配體系，構築了全新的世界。但就在遙遠的火星圈裏，那些從屬於地球圈的殖民地上，開始了來自民眾的不滿與躁動。火星都市克里斯上的人，希望從地球勢力統治下經濟獨立。身為獨立派領袖的古荻利亞·藍那·伯恩斯坦，成為地球勢力一方的眼中釘。地球勢力一方派遣「加拉爾號角」前去火星，企圖暗殺或控制古荻利亞。「加拉爾號角」是個以戰力凌人的武裝組織，負責摘除任何叛亂、危害地球圈利益的可能因子。
主角三日月·奧格斯，是一間獨立自治區的私人保安公司「克里斯警衛保安公司」（簡稱：CGS）三號隊的成員。CGS收留窮苦無依的孤兒編入三號隊，並強行施予「阿賴耶識植入手術」方便駕馭機動工兵。在內部管理上，三號隊作為CGS的後備部隊比起正規部隊，即使擁有駕駛技術不凡的隊員三日月、昭弘、尤真等人，仍受到相當大差別的待遇。在一次CGS特別承攬的護衛古荻利亞的任務中，三日月和同伴遭受加拉爾號角襲擊。CGS的主力企圖利用三號隊作為誘餌，挾同古荻利亞與主力偷偷撤退。三號隊領袖澳加·伊祖卡，領導著被視為棄卒的三號隊，對以古荻利亞為目的襲來的加拉爾號角進行負隅頑抗。
他請求情如兄弟的三日月，協助對抗加拉爾號角。就在此時，三日月啟動了以往在災難戰爭中使用過，而目前作為CGS能源爐的機動戰士——「高達巴巴托司」。該機體長期以來藏在基地地底，當成電力來源，無人知曉它所蘊藏的力量。最終，三日月依賴「阿賴耶識」首次駕駛高達巴巴托司便出色地擊退來襲的加拉爾號角。隨着加拉爾號角的撤退，CGS原主力部隊歸還，三號隊少年與一號隊成人長年以來的對立矛盾即將爆發。就此，故事揭開序幕。
主角「三日月・奧格斯」所隸屬的鐵華團，因為護送「古荻利亞・藍那・伯恩斯坦」到地球亞布羅代表選舉的戰鬥而一舉成名；同時這場戰鬥也暴露出加拉爾號角腐敗的一面，世界正逐漸產生改變。因為和亞布羅交涉而成功獲得了半金屬權益，讓屬於提華茲直系的鐵華團在資金面更加寬裕、想要入團的人也增加了，其規模擴展到能在地球設立支部的程度。就這樣，兩年過去了。。。
P.D.325年，因為地球之旅而得知世界實情的古荻利亞設立了「亞多莫斯商會」，雖然能從旁在現實及實務面為火星的經濟獨立提供助力，但是對於擴展出名聲並踏上新道路的她感到不悅的人也很多。亞多莫斯商會決定要到半金屬挖掘場進行視察，收到護衛委託的鐵華團團長「澳加・伊祖卡」察覺到了新的敵人。在澳加的指揮之下、鐵華團、還有三日月也以MS「高達巴巴托司狼式」一起前往擊退敵人。
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